2025 KBO 신인 드래프트는 전면 드래프트 방식으로 진행된다. 지명은 1라운드부터 11라운드까지 이뤄지며, 2023년도 구단 순위의 역순인 키움-한화-삼성-롯데-KIA-두산-NC-SSG-KT-LG 순서로 실시된다.

트레이드 시 구단이 다음 연도 지명권을 선수와 교환할 수 있도록 허용한 규약에 따라 이전 트레이드를 통해 지명권을 양수 받은 키움은 NC가 가지고 있던 각 1라운드, 3라운드 지명권과 SSG가 가지고 있던 3라운드 지명권을, LG는 롯데가 가지고 있던 5라운드 지명권을 행사하게 된다.

이에 따라 전 구단이 모든 지명권을 행사할 경우, 키움은 14명, LG는 12명, SSG와 롯데는 10명, NC는 9명, 그 외 구단들은 11명의 선수를 지명하게 돼 총 110명의 선수가 KBO 리그 구단 유니폼을 입게 된다.

올해 신인 드래프트 대상자는 고교 졸업 예정자 840명, 대학교 졸업 예정자 286명, 얼리 드래프트 신청자 56명, 해외 아마 및 프로 출신 등 기타 선수 15명 등 총 1,197명이다. 특히 이번 드래프트는 아마추어 유망주 집중 육성을 위해 KBO가 2022년부터 매년 개최하고 있는 KBO Next-Level Training Camp 출신 선수들이 처음으로 드래프트 대상이 되어 많은 관심을 받을 것으로 예상된다.

야구팬들의 현장 관람도 가능하다. 입장권은 추첨을 통하여 총 100명(50명 추첨, 1인 2매)의 야구 팬에게 제공될 예정이며 9월 3일(화) 오후 12시부터 23시 59분까지 KBO 홈페이지를 통해서 신청 가능하다. 입장권 배포는 행사 당일 오후 12시부터 3층 크리스탈볼룸 앞 안내데스크에서 본인 확인 후 티켓을 수령할 수 있다. 입장권 신청 관련한 자세한 내용은 KBO 홈페이지 및 공식 SNS 계정을 통해 확인할 수 있다.

2025 KBO 신인 드래프트는 케이블 스포츠 채널 SPOTV(제작), SPOTV2, KBSN 스포츠, MBC 스포츠플러스, SBS 스포츠와 유무선 플랫폼 TVING에서 생중계된다.