우리 정부의 공여로 운영되는 한-메콩 협력기금은 메콩연구소에서 관리 및 운영하며, 메콩연구소는 협력기금 사업 선정 공모 진행과 더불어 선정된 사업의 감독·조정 역할을 담당한다.

동 협력기금은 한-메콩 협력을 강화하고, 메콩 5개국의 지속가능한 개발을 통한 개발격차 완화 및 연계성 증진에 기여하고자 2012년 신설된 기금으로서, 우리 정부는 2013년부터 2021년까지 총 1,442만 불을 공여했으며, 7대 우선협력분야에 따른 총 33개 협력사업을 다섯 차례 공모를 거쳐 선정한 바 있다. 

금번 공모에서는 한-메콩 협력기금의 증가된 기금 규모 및 메콩 지역에서의 협력사업 환경의 변화에 따라 사업 시행의 효과성 제고 등을 목적으로 △메콩 지역 주요 개발 파트너와의 연계사업 발굴 △국제기구 등의 사업 참여 장려 △사업 당 지원가능 금액 증가 △일국이 아닌 지역 차원의 사업 시행 강조 △시행기관의 해당사업 전담 정규직원 요건 도입 등을 추진한다.

사업 선정은 「2021-2025 한-메콩 협력 행동계획」과의 연관성 및 개발협력 분야 관련 메콩 지역이 직면한 문제에 대해 얼마나 적실성 있는 대안을 제시할 수 있는지 등에 주안점을 두고 이루어진다. 

우리나라 또는 메콩 국가 정부부처 및 산하기관, 메콩 국가와 우리나라에 사무소를 운영하는 정부간기구 또는 비정부기구(NGO)를 포함하는 국제기구, 대학을 포함한 교육기관 등 다양한 기관·단체가 시행기관으로 공모에 참여 가능하다.